本次申請分二階段辦理，第一階段先申請取得服替代役資格，第二階段再依志願選擇入營梯次及服勤地區。
第一階段由申請役男至內政部役政署網站（http://www.nca.gov.tw）/主題單元/一般替代役申請/「109年(第2次)役男申請服一般替代役甄選作業資訊系統」登錄個人基本資料及選服役別機關（選定送出系統後即不得更改），於截止申請日（109年4月24日）前，由役男將身分證明文件及相關專長證照影本，以掛號郵寄內政部役政署始完成申請手續。
經核定取得服替代役資格之役男，得於第二階段（6月12日～6月15日）依志願（至多9個）選填入營時間（梯次）及服勤地區（選定送出系統後即不得更改）。
經核定服特定役別機關之役男，依選填志願篩選結果徵集入營；第二階段未中選者，由主管機關依核定之役別機關勤務需求及第一階段申請時間先後順序徵集入營服役，服勤地區則依地區缺額辦理分發。以一般資格服替代役者，由主管機關依申請時間先後順序，至遲於109年12月31日前徵集入營服役；服役之役別於基礎訓練期間參加役別甄選（服役機關以本次公告為原則）。
有關109年(第2次)役男申請服一般替代役甄選作業規定及相關資料（專長條件、名額……），可至縣府網站「最新消息區」或內政部役政署網站「最新消息區」、一般替代役申請/「109年(第2次)役男申請服一般替代役甄選作業資訊系統」查閱。
如對申請有任何疑問，可電洽戶籍地公所役政單位、縣府諮詢專線：08-7320415轉3149或內政部役政署諮詢專線：049-2394462。